A inauguração do Centro de Controle Operacional do VLT da Baixada Santista aconteceu dia 15 de junho de 2016.
O CCO possui três pavimentos que somam 3.050 m2 de construção. Conta com nove consoles para o controle da operação dos veículos, dos sistemas de energia, movimentação eletrônica dos passageiros (embarque e desembarque) e segurança das estações e vias, além de um painel sinóptico de 9,5 metros de comprimento por dois metros de altura.
A operação do VLT já funciona no trecho de 11,5 km, atendendo quinze estações de embarque e desembarque, por meio de tecnologia de controle de última geração. Os VLTs em circulação enviam coordenadas ao CCO (localização, interferência dos semáforos, tempo de parada nas estações, por exemplo) com o auxílio de sensores. O CCO define os parâmetros para que os veículos operem de forma regular para manter um intervalo médio entre eles. As mensagens recebidas no console da cabine do VLT são utilizadas pelo condutor, que decide sobre a movimentação do veículo e atua em situações de emergência.
O tipo de operação do VLT é denominado marcha à vista. Todas as informações que regulam a movimentação do VLT vindas do CCO até o console do veículo são utilizadas pelo condutor, dependendo do cenário à sua frente. A comunicação do CCO com as estações é viabilizada por um sistema de fibra óptica e com o VLT é via rádio; entre o veículo e a estação, o sistema é análogo à internet sem fio (WI-FI).
A Gerência Regional da EMTU na Região Metropolitana da Baixada Santista também ficará instalada no prédio do CCO para o gerenciamento e fiscalização de todo o sistema, envolvendo a operação do VLT e a das linhas metropolitanas que atendem os nove municípios da RMBS.