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O Proteger (Programa de Tecnologia e Gerenciamento de Emissões e Resíduos) tem por objetivo motivar a gestão ambiental no transporte público de passageiros sob responsabilidade da EMTU/SP, tendo em vista reduzir, monitorar e controlar os impactos ambientais decorrentes das atividades de transporte, que incidem sobre usuários, colaboradores e comunidades de uma forma mais ampla.
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O Proteger já foi iniciado por meio da participação da EMTU/SP no Projeto STAQ – Transporte Sustentável e Qualidade do Ar – em cooperação técnica com a ANTP (Associação Nacional de Transportes Públicos) e com doação de recursos do Banco Mundial. Estão previstos estudos, metodologias e sistemas informatizados para implantação do gerenciamento ambiental nas empresas concessionárias e a promoção da inserção de tecnologias ambientais no sistema de transporte sob sua responsabilidade.